Lotte Thøgersen beskæftiger sig primært med strategisk uddannelsesudvikling inden for ingeniørområdet samt forskningsledelse, vidensdeling og samarbejder med eksterne partnere, udvikling og innovation på området for byggeri, energi og miljø. 

Hun har igennem flere år ledet og gennemført forsknings- og udviklingsprojekter i samarbejde med eksterne virksomheder/institutioner samt stået i spidsen for egentlig produktudvikling i samarbejde med erhvervslivet særligt med fokus på (gen)anvendelse og håndtering af energi- og miløjressourcer.
Lotte Thøgersen er bestyrelsesformand for partnerskabet Resillience Lab Denmark, der skal udbrede viden om danske løsninger til klimaudfordringerne, og er bl.a. i kraft af sit engagement i dette involveret i det verdensomspændende Rockefeller-projekt ”100 resilient cities”. Lotte Thøgersen har været frontløber i etableringen af diplomingeniøruddannelsen til Forsyningsingeniør og i oprettelsen af Resilient Academy – et efter- og videreuddannelsestilbud indenfor resilient byudvikling. Derudover er hun medlem af flere råd og udvalg inden for uddannelse, forskning og klima både på kommunalt og nationalt plan.